【目的】全面了解多倍体猕猴桃种质资源的染色体倍性和基因组特征,并分析其在猕猴桃属植物中的系统进化关系,以期为多倍体猕猴桃全基因组组装提供参考。【方法】基于流式细胞术分析中华猕猴桃AcD2301(Actinidiachinensis)、软枣猕猴桃AcD2302(Actinidiaarguta)、对萼猕猴桃AcD2303(Actinidiavalvata)染色体倍性,利用Illumina二代测序平台开展基因组Survey分析,并基于SNP构建15种猕猴桃属植物系统进化树。【结果】中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性分别为四倍体、四倍体、六倍体,与survey分析结果一致。Kmer分析预测中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303单套基因组大小分别约为626Mb、668Mb、585Mb,杂合度为3.00%、3.30%、8.06%,重复序列比例为43.70%、45.30%、40.70%。系统进化树显示软枣猕猴桃与对萼猕猴桃亲缘关系较近,且均从中华猕猴桃独立进化而来。【结论】分析了中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性、基因组大小和系统进化关系,为将来开展多倍体猕猴桃全基因组测序提供了参考,也为深入研究猕猴桃多倍化和系统进化提供了理论支持。