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三个多倍体猕猴桃基因组 Survey 分析及系统进化研究

发布日期:2024/12/11 15:14:29 浏览次数:
作者:周 嘉,王飞飞,仲伟敏,齐 勇,刘 青,史斌斌,张 晟,牛歆雨,郑乾明,唐冬梅
关键词:猕猴桃;基因组survey分析;基因组大小;系统进化
DOI:10.13925/j.cnki.gsxb.20240477
全文: PDF 摘要全文阅读

【目的】全面了解多倍体猕猴桃种质资源的染色体倍性和基因组特征,并分析其在猕猴桃属植物中的系统进化关系,以期为多倍体猕猴桃全基因组组装提供参考。【方法】基于流式细胞术分析中华猕猴桃AcD2301Actinidiachinensis)、软枣猕猴桃AcD2302Actinidiaarguta)、对萼猕猴桃AcD2303Actinidiavalvata)染色体倍性,利用Illumina代测序平台开展基因组Survey分析,并基于SNP构建15种猕猴桃属植物系统进化树。【结果】中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性分别为四倍体、四倍体、六倍体,与survey分析结果一致。Kmer分析预测中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303单套基因组大小分别约为626Mb668Mb585Mb,杂合度为3.00%3.30%8.06%,重复序列比例为43.70%45.30%40.70%。系统进化树显示软枣猕猴桃与对萼猕猴桃亲缘关系较近,且均从中华猕猴桃独立进化而来。【结论】分析了中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性、基因组大小和系统进化关系,为将来开展多倍体猕猴桃全基因组测序提供了参考,也为深入研究猕猴桃多倍化和系统进化提供了理论支持。

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