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梨亚科 5 个属 S-RNase 基因的序列特征及进化分析

发布日期:2025/3/28 8:46:30 浏览次数:
作者:梁文杰,谢志亮,乌云塔娜
关键词:梨亚科;雌蕊S基因;序列特征;密码使用偏好;进化分析
DOI:10.13925/j.cnki.gsxb.20240585
全文: PDF 摘要全文阅读

【目的】分析梨亚科5个属S-RNase基因序列特征及其进化规律。【方法】收集GenBank数据库中5个属S-RNase基因CDS全长、大于330bp的外显子片段以及内含子序列,剔除重复序列后,利用MEGA11软件对其进行序列和多态性分析,并利用多序列比对结果构建系统进化树;计算S-RNase基因RSCU值,以欧式平方距离作为基因间进化距离进行聚类分析。利用MEGA11软件计算梨亚科5个属S-RNase基因序列碱基组成及密码子使用偏好。【结果】GenBank数据库中剔除重复序列后,共收录梨亚科5个属S-RNase基因CDS全长序列90条,长度范围为678~711bp;大于330bp的外显子片段序列有140条。梨亚科5个属S-RNase基因序列各区域分析表明:C2-HVC4-C5C5-HV区存在较多的共性特征;编码区、内含子、密码子使用偏好聚类的进化树均没有明显种和属的界限。S-RNase基因3个位置的碱基含量均呈现A+T大于C+GHV3个位置CG分布较为一致。【结论】梨亚科5个属S-RNase基因除了HV区,C2-HVC4-C5C5-也具备参与S位点识别的可能性。同时,梨亚科5个属S-RNase基因的分化早于5个属的分化时间且SRNase基因密码子存在一定的偏好。

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