【目的】以连续种植的、高发心腐病的菠萝园土壤为对象,研究根际土壤真菌群落与菠萝心腐病的关系,为利用生物有机肥防控菠萝心腐病提供理论依据。【方法】采用高通量测序技术手段,研究盆栽条件下三元复合肥(HF,3种载体菜籽饼、泥炭土、椰糠)和生防菌株(枯草芽孢杆菌HL2、链霉菌株HL3)与普通有机肥(YJ)、二次堆制而成的生物有机肥(KC、KN、KY、LC、LN、LY)对菠萝心腐病的防控效果,以及对根际土壤真菌群落和功能的影响。【结果】与三元复合肥(HF)处理相比,普通有机肥(YJ)处理和生物有机肥(KC、KN、KY、LC、LN、LY)处理的真菌群落丰富度和多样性更高,群落结构存在显著差异。生物有机肥(KC、KN、KY、LC、LN、LY)处理中,粪壳菌纲相对丰度显著低于HF和YJ,而座囊菌纲和散囊菌纲得到明显富集。网络分析表明,相比HF和YJ,生物有机肥处理形成了复杂连接的稳定真菌群落,但接种枯草芽孢杆菌的生物有机肥(KC、KN、KY)处理的真菌网络呈现出更强的相关性,接种链霉菌的生物有机肥(LC、LN、LY)次之。HF和YJ处理中,与发病率呈极显著正相关的真菌属青霉菌属、镰孢菌属、未定义毛壳科菌、木霉属和单胞瓶霉属的相对丰度显著高于生物有机肥(KC、KN、KY、LC、LN、LY)处理。相反,与发病率呈极显著负相关的真菌中,黑团球壳腔菌属在生物有机肥(KC、KN、KY;LC、LN、LY)处理中具有更高的相对丰度,真菌踝节菌属和未定义刺盾炱目菌属分别在KC处理、LY处理相对丰度达到最大。【结论】生物有机肥施用后,菠萝心腐病发病率下降,土壤真菌群落结构和组成发生变化。其中,KC处理有效减少了连作土壤菠萝心腐病发生,发病率为0,且土壤真菌群落丰富度和多样性达到最大,与发病率呈负相关的真菌属显著增加,土壤真菌群落的生态系统趋于稳定。