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葡萄病毒B内蒙古分离物全基因组序列分析

发布日期:2023/10/18 15:32:08 浏览次数:
作者:刘晓萌 ,张 磊 ,李小燕 ,付崇毅 ,宋培玲 ,孙平平 ,李正男
关键词:葡萄病毒B;基因组;系统发育分析;重组
DOI:10.13925/j.cnki.gsxb.20220032
全文: PDF 摘要全文阅读

【目的】获得葡萄病毒BGrapevinevirusBGVB)内蒙古分离物全基因组序列,并且分析该病毒基因组结构及与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系。【方法】以阳光玫瑰葡萄叶片为样品,提取RNA,根据NCBIGenbank数据库中已报道的22GVB全基因组序列的保守区分别设计3GVB基因片段扩增所用引物,采用RTPCR结合RACE技术,克隆GVB全基因组序列,并进行序列分析和同源性比对以及系统进化关系的分析。【结果】成功获得了2GVB内蒙古分离物全长基因组(GVBHohhot-1GVBHohhot-2),大小均为7609nt,均编码5个开放阅读框openreadingframeORF)。GVBHohhot-1GVBHohhot-2分离物与22个已报道的GVB分离物全基因核苷酸一致性分别为74.9%~96.5%74.8%~96.4%。系统发育分析结果表明,24GVB分离物基于全基因组序列构建的进化树分2个大组,基于外壳蛋白(coatproteinCP)基因序列构建的进化树分为4组。本研究中2GVB内蒙古分离物与加拿大分离物(登录号:MZ440726)的亲缘关系最近,一致性分别为96.5%96.4%。在24GVB全长基因组序列间无重组事件。【结论】首次获得GVB内蒙古分离物的全基因组序列,分析了基因组的基本特征,并且阐明了该病毒与已报道GVB分离物的序列一致性和系统进化关系,为我国GVB分类地位、病毒进化规律研究,以及后续开展侵染性克隆奠定了一定基础。

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