摘 要:【目的】橘柚（tangelo）是一类含有橘（mandarin，Citrus reticulata Blanco）和柚[pummelo，C. maxima （Burm.） Merr.]血统的杂种柑橘。旨在挖掘能快速有效区分和鉴定不同橘柚品种的插入缺失（InDel）分子标记。【方法】利用第二代测序技术对两种橘柚（阳光1号和阳光2号）及其亲本（爱媛28号和春香）进行全基因组重测序，通过生物信息学分析和琼脂糖凝胶电泳检测，挖掘、筛选和确定大于30 bp或小于-30 bp的InDel标记，使用这些标记鉴定和区分10种不同橘柚品种，并对共51份柑橘种质资源进行基因分型及遗传多样性分析。【结果】在4种柑橘的基因组共鉴定到607 376个InDel位点，产生657 414种变异方式，并进一步筛选出48个大于30 bp或小于-30 bp的InDel标记。他们适用于普通琼脂糖凝胶电泳检测，操作简单，省力省时，成本低。这些InDel标记能够对10种橘柚进行基因分型，区别和鉴定不同橘的柚品种，在51份柑橘种质资源中具有遗传多样性，其中I3_744、I7_170、I8_516、I8_533、I9_669等InDel标记具有高多态信息含量（PIC）和期望杂合度（He）及低最大等位基因频率（MAF）的特点。基于这48个InDel标记基因分型的主坐标分析（PCoA）展示了51种柑橘的遗传距离，他们在PCoA二维散点图的分布与已知的柑橘类型划分总体一致。【结论】笔者发掘的48个适合普通琼脂糖电泳检测的InDel标记能准确快速区分和鉴定不同橘柚品种，也有助于对柑橘作物的遗传多样性和群体进行分类分析。
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