【目的】揭示内生菌群与核桃果实病害间的关系,挖掘有益功能菌群,为绿色防控果实病害提供理论依据。【方法】基于高通量测序技术,分析不同抗性核桃品种(系)健康/患病青皮内生菌群多样性及群落结构组成,鉴定标志性内生菌,并对菌群代谢功能进行预测。【结果】抗病品种(系)青皮内生菌群的丰富度和多样性显著高于易感品种(系),患病后青皮真菌群落的多样性显著提高;优势细菌门中变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度最高(11.19%~97.76%),优势细菌属是假单胞菌属(Pseudomonas)、黄单胞菌属(Xanthomonas)、泛菌属(Pantoea)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas),优势真菌门中子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度最高(33.03%~99.87%),刺盘孢属(Colletotrichum)、篮状菌属(Talaromyces)、链格孢属(Alternaria)、Nothophoma为优势真菌属;病原菌对不同抗性品种(系)的喜好程度存在差异,不同品种(系)对病原菌的抵御能力也存在差异,包括鞘氨醇单胞菌属、甲基杆菌-甲基红菌属(Methylobacterium-Methylorubrum)、乳杆菌属(Lactobacillus)、篮状菌属、Apiosordaria和Coniosporium等有益菌属作为标志菌属在核桃抗性品种(系)健康青皮中富集;核桃青皮内生菌群具有丰富的代谢功能,主要通过促进氨基酸、核苷酸的生物合成来增强对病原菌的抵御能力。【结论】不同抗性核桃品种(系)病、健青皮组织内生菌群组成存在明显差异,有益内生菌对果实抗病性的提高有重要作用。