PDF 【目的】利用SSR分子标记开展余甘子遗传多样性分析和核心种质构建研究，为余甘子种质资源保存、遗传育种和高效利用提供科学依据。【方法】利用余甘子SSR分子标记分析192份余甘子（PhyllanthusemblicaLinn.）与1份近缘种小果叶下珠（P.reticulatusPoir.）的遗传多样性和亲缘关系；从聚类方法、取样策略和取样比例筛选构建余甘子核心种质最佳方案，并检验其有效性。【结果】10对SSR引物在193个样本中共检测到85条多态性条带，多态信息含量0.77，余甘子遗传距离范围0~0.9583，余甘子种质资源间的遗传分化水平高，多样性丰富。经聚类分析，192份余甘子可分为3个组别，相同生态分布区的种质亲缘关系相对较近。筛选出构建余甘子核心种质最佳方案为Jaccard遗传距离+类平均法+优先取样策略+10%取样比例，经检验，构建出的初级核心种质既有效排除了原种质遗传冗余，又确保了代表性和异质性。【结论】余甘子种质资源的遗传分化水平高，遗传多样性丰富；利用余甘子SSR多样性数据构建核心种质最佳方案为Jaccard遗传距离+类平均法+优先取样策略+10%取样比例，构建包含20份余甘子的核心种质，为种质资源收集保存及创新利用提供了科学依据。