【目的】明确柑橘碎叶病在浙江省的发生、分布情况及其病原物种群的多样性和遗传分化,探索柑橘碎叶病毒(citrustatterleafvirus,CTLV)的起源和演化。【方法】对浙江省11个地级市的柑橘产区开展调查和抽样检测,测定202个CTLV分离物外壳蛋白基因序列,并进行同源性分析和系统发育分析。【结果】柑橘碎叶病在浙江省柑橘产区发生普遍,11个地级市中10个有检出,951份样品中有311份为阳性,阳性率为32.70%。阳性率在不同地区间和不同寄主品种间存在明显差异,以绍兴市和宁波市较高,分别为57.14%和55.91%;杭州市和湖州市较低,为6.52%和0.00%。在检测的43个品种(品系)中,以佛手和枸头橙最高,达100.00%;以枳壳、柠檬、脆蜜金柑和金橘最低,为0.00%。CTLV各分离物之间的遗传多样性丰富,外壳蛋白基因的核苷酸序列和氨基酸序列相似率分别为87.70%~100.00%和91.60%~100.00%。基于外壳蛋白基因序列的系统发育分析发现,来自浙江8个地级市20个寄主品种的111个CTLV分离物明显地分为2个大的分支,其分支与地理来源和寄主品种不存在明显的相关性。【结论】柑橘碎叶病在浙江柑橘产区发生普遍,且广泛危害不同的柑橘品种(品系),其病原物种群存在丰富的遗传多样性,但其分化与地理隔离和寄主品种不存在明显的相关性。研究结果为进一步探究CTLV的起源、系统演化和致病性分化研究奠定了基础,同时也揭示了规范化品种引进和苗木调运程序是预防该病害发生的关键。