【目的】不同结构花色苷的颜色特征存在差异,了解不同结构花色苷的遗传倾向,挖掘显著关联的单核苷酸多态性(SNP)位点和候选基因,可为定向创制不同果色葡萄的分子育种提供理论支撑。【方法】以酿酒葡萄赤霞珠685和西拉100的杂交F1子代为试材,采用高效液相色谱-质谱联用技术分析花色苷组分,采用全基因组关联分析(GWAS)挖掘关键SNP位点和候选基因。【结果】在杂交群体内,不同花色苷组分遗传倾向有较高相似性,其关联的SNP位点也高度一致,其中有9个SNP位点和3个候选基因被确定为优异等位变异,此外,PIA2(VIT_202s0087g00100)首次被发现与葡萄花色苷关联。【结论】这些SNP位点均具有开发为分子标记的潜力,研究结果为葡萄花色苷合成的调控机制研究和分子设计育种提供了靶标。