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猕猴桃溃疡病病原菌 MLVA 分型引物的筛选及验证

发布日期:2024/6/26 15:54:35 浏览次数:
作者:姚令,王海,黄露,安星宇,陈文,王莉爽,薛原,吴石平
关键词:丁香假单胞菌猕猴桃致病变种;多位点串联重复序列分析;群体遗传结构;引物;筛选
DOI:10.13925/j.cnki.gsxb.20230444
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摘要【目的】筛选出一组可精准快速地对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonassyringaepv.actinidiaePsa)进行分型的引物组合。【方法】针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对中国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用模拟PCR获取菌株串联重复(TR)数;以辛普森指数(SimpsonsindexSI)作为筛选引物组合的标准,基于R软件平台,筛选最优引物组合。【结果34对引物对中国Psa扩增效果均良好,其中TR14TR11IITR19Psa-01引物序列相同;TR8Psa-08TR39IIPsa-10GM-1834TR10IGM-1553TR64IITR19Psa-01TR19II扩增同一TRPsa-09扩增产物串联重复单元长度不唯一,TR2II扩增产物侧翼变异较大,不能通过电泳确定串联重复数;最终确定SI值与全部引物组合相同的最低引物数量为9对,使用该9对引物的组合可将Psa已知的5种生物型准确分开。【结论TR23/Psa-04Psa-03Psa-05Psa-06TR10IGM-1834TR30ITR1IIPsa-10TR39IITR64IIGM-15539对引物可代表当前文献报道的34对引物,进行Psa分型研究,探索猕猴桃溃疡病的传播和流行规律,为病害防控策略的制定提供科学依据。

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