PDF 摘要：【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系，阐明马家柚在柑橘属中的分类地位，对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序，采用Noveplastys、CAP3、GeSeq和tRNAscan-SE软件对马家柚叶绿体基因组进行组装、注释；采用CGViewServer、MISA、REPuter、CodonW、Gview、IRscope、NADnaSP6.0软件对马家柚叶绿体基因组特征进行分析；采用MAFFT7.0和FastTree2.1.10软件对马家柚及其85个同科种和山小橘属3个外群种叶绿体基因组进行序列比对和建树。【结果】马家柚叶绿体基因组全长160186bp，包括1个大单拷贝（LSC）区、1个小单拷贝（SSC）区和2个反向重复（IR）区，为典型闭合环状双链结构。马家柚叶绿体基因组共注释到133个功能基因，包括88个编码蛋白（CDS）基因、8个核糖体RNA（rRNA）基因和37个转运RNA（tRNA）基因。马家柚叶绿体基因组共检测到79个简单序列重复（SSR）和34个长序列重复（Longrepeat）。马家柚叶绿体基因组非编码区的变异程度高于基因编码区，LSC区的变异性＞SSC区＞IR区，SC/IR边界较为保守。马家柚叶绿体基因组平均ENC值为48.02，密码子偏好性较弱。马家柚叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响，受内部突变的影响小。马家柚叶绿体基因有10个最优密码子（AAU、UGU、AAA、UUU、GCU、GGA、CCA、ACU、CGU、AGU），均以A、U结尾。马家柚与西双版纳东试早柚（KY055833，来源地：云南）、日本夏橙（ON193075，来源地：韩国）、福建六月早蜜柚（MT527726，来源地：福建）、福建琯溪蜜柚（MN782007，来源地：福建）有亲缘关系。【结论】马家柚是一个柑橘属中较为独特的品种，该研究结果为进一步研究马家柚的遗传资源、物种资源鉴定和系统发育分析提供了理论依据。