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灰比诺葡萄病毒内蒙古分离物全基因组分析

发布日期:2024/12/16 10:54:47 浏览次数:
作者:郭孟泽,徐磊,闫雨婷,孙平平,张磊,李正男
关键词:灰比诺葡萄病毒;系统进化分析;序列一致性;遗传多样性
DOI:10.13925/j.cnki.gsxb.20240345
全文: PDF 摘要全文阅读

摘要【目的】获取灰比诺葡萄病毒(grapevinepinotgrisvirusGPGV)内蒙古分离物全基因组序列,并对该病毒群体进行序列一致性、系统发育、基因重组以及群体遗传多样性等分析。【方法】GPGV阳性样品为试验材料,通过RTPCR技术和cDNA末端快速扩增技术(rapidamplificationofcDNAendsRACE)克隆GPGV内蒙古分离物的全基因组序列,并通过分子生物学分析软件对其进行基因组序列分析。【结果】成果克隆了2GPGV内蒙古分离物(20IM-ViVi120IM-ViVi2)的全基因组序列,序列全长均为7250nt,且均编码3ORFs;序列一致性分析结果显示,20IM-ViVi120IM-ViVi2基因组序列核苷酸一致率为96.4%,与其他分离物的全基因组序列一致率分别为79.7%~96.8%79.5%~97.7%;系统进化分析表明,GPGV所有全基因组分离物可划为4个分支,其中本研究中所获得的2个分离物20IM-ViVi120IM-ViVi2均聚集在第Ⅰ分支,并均与中国夏黑分离物SRR2845691-GPGV亲缘关系最近;遗传多样性分析结果表明,GPGV具有较高的遗传多样性,其中GPGV亚洲分离物遗传多样性最高。【结论】首次获得GPGV内蒙古分离物的全基因组序列,并阐述了2GPGV内蒙古分离物与已知病毒之间的进化关系,可为中国GPGV株系划分、遗传进化研究奠定理论基础。

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