苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析

摘要：【目的】检测从山东青岛采集的有“花脸”症状的火焰海棠（Malus‘Flame’）果实是否带有苹果锈果类病毒（Apple scar skin viroid，ASSVd）。【方法】提取带有“花脸”症状的火焰海棠果皮总 RNA，设计 ASSVd特异性引物，利用 RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长，并进行克隆、测序，利用CLC RNA Workbench4预 测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠 ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主 ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采 集的表现“花脸”症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd，推测火焰海棠果皮的“花脸”症状可能由ASSVd引起。利用基 因特异性引物克隆 4 条 ASSVd 基因组全长序列，其长度为 333~334 bp，在 GenBank 的登录号依次为 MK102981- MK102984。ASSVd序列比对结果显示，来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的 地区专化性，进一步对 ASSVd二级结构分析发现不同寄主的 ASSVd致病区（P）存在明显的差异。【结论】从山东青岛 采集的带有“花脸”症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd，明确其为自然寄主之一，且 火焰海棠果实的“花脸”症状形成可能与ASSVd侵染有关。