‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析

摘要： 【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记，为研究该品种的系统进化关系、 丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA，构建小片段插入文库并测序，以 甜橙叶绿体基因组为参考，筛选叶绿体基因组相关序列组装，开展SSR（simple sequence repeat，简单重复序列）预测、SNP（single nucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性）/InDel（insertion-deletion，插入缺失）分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp，GC含量为38.42%，共有117种基因被注释；检测到92个SSR位点，大部分的SSR位点都偏向于A/T组成；检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。 进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是 可行的。