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基于特征性SNP鉴定mRNA在柑橘砧穗间的转移

发布日期:2023/10/8 8:46:37 浏览次数:
作者:邓立乐,周凡沁,潘志勇
关键词:柑橘;砧穗互作;SNP;可传递mRNA
DOI:10.13925/j.cnki.gsxb.20220211
全文: PDF 摘要全文阅读

摘要:【目的】以红夏橙和枳为试材鉴定柑橘砧穗间mRNA的可传递性。【方法】对建立的红夏橙/枳和枳/2个砧穗嫁接组合的接穗和砧木分别进行转录组测序;然后将组装的枳转录组与前人发布的红夏橙转录组进行比对分析,以获得的红夏橙和枳基因组各自的特征性SNP为评判标准,获得从红夏橙转移到枳和从枳转移到红夏橙的候选mRNA;对这些候选mRNA进行SNP-RT-PCR验证。【结果】通过比对红夏橙和枳的转录组与基因组数据得到两者间的特征性SNP位点共254580个,并以此为标准选出30个可从红夏橙转移到枳候选mRNA,及24个可从枳转移到红夏橙的候选mRNA。对候选mRNA进一步验证得到3个可转移的mRNA,随后进行功能预测发现从红夏橙转移到枳的mRNA其基因Cs2g16070.1编码1个邻甲基转移酶;从枳转移到红夏橙中的mRNA其基因Pt2g028010.4编码1个泛素蛋白连接酶UPL5;另一个从枳转移到红夏橙中的mRNA其基因Pt3g020940.1编码1个尿苷二磷酸糖基转移酶。【结论】枳砧木中有2个基因(Pt2g028010.4Pt3g020940.1)编码的mRNA可转移到红夏橙接穗;红夏橙接穗中有1个基因(Cs2g16070.1)编码的mRNA可转移到枳砧木。

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