【目的】探究阳光玫瑰不同砧木和自根苗根际土壤微生物的群落多样性,以期为筛选适宜砧木提供参考。【方法】提取3年生阳光玫瑰嫁接和自根苗木的根际土壤微生物总DNA,用IlluminaMiseq高通量测序技术分析了1103P、5BB、Beta和自根苗土壤根际微生物群落多样性。【结果】1103P显著提高了根际土壤细菌群落的丰度和多样性,Beta显著提高了真菌群落的丰度和多样性,降低了细菌群落的多样性。4个样品细菌OTU归类到44门133纲345目536科1056属,优势细菌门均为变形菌门(Proteobacteria,24.15%~33.57%)、酸杆菌门(Acidobacteriota,14.83%~~22.82%)、放线菌门(Actinobacteriota,7.24%~10.99%),但优势细菌属组成有较大差异,细菌属水平主坐标分析表明,1103P和5BB明显改变了阳光玫瑰根际土壤细菌群落组成,Beta和自根苗细菌群落组成相似度高。4个样品真菌OTU归类到8门33纲82目188科412属,优势真菌门均为子囊菌门(Ascomycota,55.57%~64.86%)、毛霉菌门(Mucoromycota,5.84%~22.24%)和担子菌门(Basidiomycota,12.72%~19.22%),但优势真菌属组成有较大差异,真菌属水平主坐标分析表明,4个样品真菌群落组成差异较大。对细菌群落(门水平)和土壤理化性质的冗余分析结果表明,有机质含量(OM)、交换性镁(Mg2+)含量和pH值对根际土壤优势细菌门组成影响较大。【结论】砧木能够改变阳光玫瑰根际土壤微生物群落组成和数量,为筛选适宜砧木和改善根际微生物群落组成提供理论依据。