‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP 转录因子生物信息学分析

摘要：【目的】分析‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP转录因子家族。【方法】利用Kiwifruit Genome Database、EMBI、TAIR、SMART、Pfam、MEME、Protparam、SOPM、SWISS-MODEL、SignalP4.1 Sever网站，和ClustalX2、BioEdit、MEGA6.0、MapInspect、MEV软件，分析‘红阳’猕猴桃AP2/EREBP转录因子类型、结构域、系谱进化、蛋白理化性质及高级结构、信号肽分析、基因定位、序列元件和基因表达模式。【结果】‘红阳’猕猴桃全基因组中有204条AP2/EREBP转录因子，根据其结构域划分为4个亚家族。进行多序列比对和系谱进化分析，发现2个亚家族各分为6个亚组。生物信息学分析表明，204条蛋白氨基酸序列高级结构与拟南芥AP2/EREBP转录因子相似性较高。其中存在2条分泌型蛋白。基因定位表明，该家族基因在10号染色体无定位；有染色存在串联复制现象。同源拟南芥基因表达模式分析表明，AP2/EREBP转录因子对外界胁迫有显著性表达。【结论】利用生物信息学方法获得204条猕猴桃AP2/EREBP家族转录因子，并与拟南芥AP2/EREBP 转录因子进行系谱进化、结构域、基因定位和同源表达等分析，结果表明猕猴桃AP2/EREBP转录因子在进化过程中比较保守，并参与了植物发育和胁迫应答调控。