我国柑橘产业在全球占据至关重要的地位，然而，柑橘病毒病却给该产业带来了严重的经济损失。随着病毒种类的不断增多，快速且准确的病毒鉴定及遗传多样性研究显得愈发关键。高通量测序（High-Throughput sequencing, HTS）技术，凭借其高通量、高效快速以及成本效益高的优势，逐渐成为了柑橘病毒鉴定的核心技术手段。该技术的应用不仅成功揭示了多种新病毒的存在，还深入挖掘了已知病毒的全基因组信息，为研究人员提供了大量的基因序列数据，极大地推动了柑橘病毒在遗传变异、进化关系以及生态系统作用等方面的研究。展望未来，随着技术的持续发展和优化，HTS将在柑橘病毒鉴定与种群多样性分析中发挥更为重要的作用，为柑橘产业的可持续发展提供坚实的支撑。本文综述了HTS技术在柑橘病毒检测与鉴定，以及种群多样性分析方面的最新进展，并深入探讨了当前面临的挑战及未来的发展前景。
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