【目的】研究新疆野苹果（Malus sieversii）种子不同贮藏阶段转录组差异和激素含量变化，筛选新疆野苹果种子休眠解除过程中植物激素相关基因，为后续新疆野苹果种子休眠解除激素调控机制研究提供依据。【方法】以新疆野苹果种子为材料，对照未层积种子和经4 ℃低温沙藏层积处理（30、60、90、120 d）后种子进行转录组测序，采用酶联免疫吸附法测定种子中的脱落酸（abscisic acid，ABA）、赤霉素（gibberellin，GA）、生长素（auxin，IAA）、细胞分裂素（cytokinin，CTK）含量以及乙烯氨基环丙烷羧酸氧化酶（1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid oxidase，ACO）和氨基环丙烷羧酸合成酶（1-aminocyclopropane-1- carboxylic acid oxidase synthase，ACS）的活性。【结果】新疆野苹果种子GA、IAA、CTK含量随贮藏时间的增加呈上升趋势，而ABA含量呈下降趋势。乙烯（ethylene，ETH）合成途径ACO和ACS活性随贮藏时间的增加呈增加趋势。GO富集分析筛选出85个差异基因调控种子萌发（GO:0010029），114个GA相关差异基因，313个ABA相关差异基因和156个ETH相关差异基因。KEGG通路富集分析显示，主要富集通路有植物激素信号转导、MAPK信号通路-植物、内质网中的蛋白加工、淀粉和蔗糖代谢、糖酵解/糖原生成等。ABA信号传导通路中有3个PYR/PYL基因表达下调，2个蛋白磷酸酶2C（PP2C-type protein phosphatases，PP2C）、3个蔗糖非发酵相关的蛋白激酶（sucrose non-fermenting-1-related protein kinase 2，SnRK2）上调表达和2个ABA分解代谢8'-羟化酶（8'-hydroxylases）基因表达显著上调。GA信号转导途径中2个受体GID1（gibberellin insensitive dwarf 1）和6个负调控因子DELLA蛋白上调表达；ETH受体ETR（Ethylene receptor）的直接前体1-氨基环丙烷-1-羧酸（1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid，ACC）和ACO基因上调表达。【结论】新疆野苹果种子经低温沙藏层积处理，ERF2-like表达量与ACO、ACS活性变化呈相反趋势，PYR1-like、WRKY33基因表达量与ABA含量变化均下降，说明以上基因可能参与ABA信号通路调控新疆野苹果种子休眠解除过程。
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