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灰比诺葡萄病毒内蒙古分离物全基因组分析

发布日期:2024/9/11 15:44:16 浏览次数:

【目的】获取灰比诺葡萄病毒grapevine pinot gris virusGPGV内蒙古分离物全基因组序列,并对该病毒群体进行序列一致性、系统发育、基因重组以及群体遗传多样性等分析。【方法】GPGV阳性样品为实验材料,通过RT-PCR技术cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNA endsRACE)克隆GPGV内蒙古分离物的全基因组序列,并通过分子生物学分析软件对其进行去基因组序列分析。【结果】成果克隆了两条GPGV内蒙古分离物20IM-ViVi120IM-ViVi2的全基因组序列,序列全长均为7250 nt均编码3ORFs;序列一致性分析结果显示,20IM-ViVi120IM-ViVi2基因组序列核苷酸一致性为96.4%,与其他分离物的全基因组序列一致性分别为79.7%~96.8%79.5~97.7%系统进化分析表明GPGV所有全基因组分离物可划为4个分支,其中本研究所获得的两个分离物20IM-ViVi120IM-ViVi2均聚集在第I分支,并均与中国夏黑分离物SRR2845691-GPGV亲缘关系最近;遗传多样性分析结果表明,GPGV具有较高的遗传多样性,其中GPGV亚洲分离物遗传多样性最高。【结论】首次获得GPGV内蒙古分离物的全基因组序列,并阐述了2GPGV内蒙古分离物与已知病毒之间的进化关系,可为我国GPGV株系划分、遗传进化研究奠定理论基础。




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