【目的】挖掘胡柚新品种‘01-7’和普通胡柚间的差异单核苷酸多态性（SNP），据此开发可区分‘01-7’与其他胡柚的分子标记。【方法】对‘01-7a’和普通胡柚ZZ（祖宗树）进行全基因组重测序，利用生物信息学分析挖掘两份材料间的纯合SNP。采用PCR、克隆结合Sanger测序对SNP的正确性进行验证，进而开发等位基因特异PCR（AS-PCR）和衍生酶切扩增多态性（dCAPS）分子标记体系，最后应用12份胡柚材料就AS-PCR和dCAPS分子标记的普适性进行评估。【结果】对‘01-7a’和普通胡柚ZZ重测序原始数据进行过滤，共获得高质量碱基数36.06 Gb。利用生物信息学手段挖掘出一个纯合SNP：Chr1_7111834_G/A。‘01-7a’和普通胡柚ZZ在该SNP位点的基因型分别是A/A和G/G，这一结果得到了经典的基因克隆-Sanger测序确认。基于此SNP开发了AS-PCR和dCAPS分子标记，经12份胡柚材料测试，表现符合预期：AS-PCR-F1在所有4份‘01-7’中扩增出特异条带，而在其他胡柚材料中无扩增；AS-PCR-F2在‘01-7’中无扩增，在其他胡柚材料（‘脆红’除外）中扩增出特异条带；所有4份‘01-7’材料在dCAPS分析中出现酶切条带，而在其他胡柚材料（‘脆红’除外）中不被酶切。‘脆红’因突变产生天然的酶切识别位点而被酶切。经典的基因克隆-Sanger测序结果确认两种标记正确区分了基因型，并发现‘脆红’有着不同于其他胡柚的分子标记条带是由于它在该SNP位点侧翼还有额外的序列变异。【结论】基于全基因组重测序数据挖掘出‘01-7a’胡柚和普通胡柚ZZ间的一个纯合SNP，据此开发了AS-PCR和dCAPS分子标记，该两标记可区分‘01-7’、‘脆红’、‘夏红’和其他胡柚。
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