【目的】挖掘胡柚新品种‘01-7’和普通胡柚间的差异单核苷酸多态性(SNP),据此开发可区分‘01-7’与其他胡柚的分子标记。【方法】对‘01-7a’和普通胡柚ZZ(祖宗树)进行全基因组重测序,利用生物信息学分析挖掘两份材料间的纯合SNP。采用PCR、克隆结合Sanger测序对SNP的正确性进行验证,进而开发等位基因特异PCR(AS-PCR)和衍生酶切扩增多态性(dCAPS)分子标记体系,最后应用12份胡柚材料就AS-PCR和dCAPS分子标记的普适性进行评估。【结果】对‘01-7a’和普通胡柚ZZ重测序原始数据进行过滤,共获得高质量碱基数36.06 Gb。利用生物信息学手段挖掘出一个纯合SNP:Chr1_7111834_G/A。‘01-7a’和普通胡柚ZZ在该SNP位点的基因型分别是A/A和G/G,这一结果得到了经典的基因克隆-Sanger测序确认。基于此SNP开发了AS-PCR和dCAPS分子标记,经12份胡柚材料测试,表现符合预期:AS-PCR-F1在所有4份‘01-7’中扩增出特异条带,而在其他胡柚材料中无扩增;AS-PCR-F2在‘01-7’中无扩增,在其他胡柚材料(‘脆红’除外)中扩增出特异条带;所有4份‘01-7’材料在dCAPS分析中出现酶切条带,而在其他胡柚材料(‘脆红’除外)中不被酶切。‘脆红’因突变产生天然的酶切识别位点而被酶切。经典的基因克隆-Sanger测序结果确认两种标记正确区分了基因型,并发现‘脆红’有着不同于其他胡柚的分子标记条带是由于它在该SNP位点侧翼还有额外的序列变异。【结论】基于全基因组重测序数据挖掘出‘01-7a’胡柚和普通胡柚ZZ间的一个纯合SNP,据此开发了AS-PCR和dCAPS分子标记,该两标记可区分‘01-7’、‘脆红’、‘夏红’和其他胡柚。
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