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猕猴桃溃疡病病原菌MLVA分型引物的筛选及验证

发布日期:2024/4/9 17:16:31 浏览次数:

摘 要:【目的】丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv. ActinidiaePsa引起的猕猴桃细菌性溃疡病,是目前全球猕猴桃产业面临的最大病害威胁之一。多位点可变数目串联重复序列分析技术(Multiple Loci Variable Number of Tandem Repeats Analysis,MLVA)是研究Psa遗传结构的重要方法,但当前该技术的使用存在MLVA引物数量过多、引物使用不统一等问题,笔者在本研究中旨在筛选出一组可精准快速地对Psa进行分型的引物组合。【方法】针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对我国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用模拟PCR获取菌株串联重复(TR)数;以辛普森指数(Simpson’s index,SI)作为筛选引物组合的标准,基于R软件平台,筛选最优引物组合。【结果】34对引物对我国Psa扩增效率均良好,其中TR14与TR11Ⅱ、TR19与Psa-01引物序列相同;TR8与Psa-08、TR39Ⅱ与Psa-10、GM-1834与TR10Ⅰ、GM-1553与TR64Ⅱ、TR19Psa-01与TR19Ⅱ扩增同一TR;Psa-09扩增产物串联重复单元长度不唯一,TR2Ⅱ扩增产物侧翼变异较大,不能通过电泳确定串联重复数;最终确定SI值与全部引物组合相同的最低引物数量为9对,使用该9对引物的组合可将Psa已知的5种生物型准确分开。【结论】TR23/Psa-04、Psa-03、Psa-05、Psa-06、TR10IGM-1834、TR30Ⅰ、TR1II、Psa-10TR39II、TR64IIGM-1553等9对引物可代表当前文献报道的34对引物,进行Psa分型研究,探索猕猴桃溃疡病的传播和流行规律,为病害防控策略的制定提供科学依据。




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