【目的】挖掘西瓜耐盐相关关键候选基因，为探究西瓜应答盐胁迫的机理、培育耐盐西瓜新品种奠定重要基础。【方法】通过对121份西瓜核心种质材料的耐盐性相关指标进行测定，利用全基因组关联分析（genome-wide association study，GWAS）对表型指标进行分析，定位与表型数据相关的单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs）变异位点，并对候选区间内的基因进行功能注释，最终利用耐盐材料和盐敏感材料的转录组数据确定关键耐盐相关候选基因。【结果】在根表面积指标下鉴定出1个显著SNP位点，在候选区间内获得23个基因；在根K+含量指标下鉴定出25个显著SNP位点，在候选区间内获得25个基因；在根Na+含量指标下鉴定出2个显著SNP位点，在候选区间内获得10个基因；在根可溶性糖含量指标下鉴定出1个显著SNP位点，在候选区间内获得18个基因。在150mM NaCl处理前后的耐盐品种和盐敏感材料中，Cla97C08G145130、Cla97C04G073300和Cla97C01G009540三个候选基因的表达量受盐胁迫的诱导显著上调表达。【结论】推测这3个基因为西瓜耐盐相关关键候选基因，为解析提高西瓜耐盐性的分子机制、开发分子标记用于辅助选择育种提供了基础。
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