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三个多倍体猕猴桃基因组survey分析及系统进化研究

发布日期:2024/11/14 9:42:49 浏览次数:

目的】全面了解多倍体猕猴桃种质资源的染色体倍性和基因组特征,并分析其在猕猴桃属植物中的系统进化关系,以期为多倍体猕猴桃全基因组组装提供参考。【方法】基于流式细胞术分析中华猕猴桃AcD2301Actinidia chinensis)、软枣猕猴桃AcD2302Actinidia arguta)、对萼猕猴桃AcD2303Actinidia valvata染色体倍性,利用Illumina二代测序平台开展基因组survey分析,并基于SNP构建15种猕猴桃属植物系统进化树【结果】中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性分别为四倍体、四倍体、六倍体,与survey分析结果一致。K-mer分析预测中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303单套基因组大小分别约为626 Mb668 Mb585 Mb,杂合度为3.00%3.30%8.06%,重复序列比例43.70%45.30%40.7%。系统进化树显示软枣猕猴桃与对萼猕猴桃亲缘关系较近,且均与中华猕猴桃独立进化而来。【结论】分析了中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性、基因组大小和系统进化关系,为将来开展的多倍体猕猴桃全基因组测序提供参考,也为深入研究猕猴桃多倍化和系统进化提供了理论支持。




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