枇杷LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析

【目的】揭示枇杷LTR类反转录转子座RT序列在枇杷基因组中的异质性，为枇杷转座子进化和多样性研究提供依据。【方法】以普通枇杷野生种质的叶片为材料，通过简并引物从枇杷基因组中扩增得到Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列，并对其序列变化特点进行生物信息学分析。【结果】最终获得38条Ty1-copia类RT序列和24条Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列。其中Ty1-copia类反转录转座子RT序列的长度为257~266bp，序列相似率为22.6%~97.6%，聚类结果显示，其核苷酸序列存在Maxium、TAR和Angela3个支系。将核酸序列翻译为氨基酸后，有4条序列发生移码突变，12条序列发生终止密码子突变。Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列的长度为429~438bp，序列相似率为48.1%~99.3%，聚类结果显示，其核苷酸序列存在Tat和Reina2个支系。将核酸序列翻译为氨基酸后，有3条序列发生移码突变，7条序列发生终止密码子突变。对序列同义突变率与非同义突变率的分析结果显示，枇杷Ty1-copia和Ty3-gypsy类RT序列dN/dS均小于1。与其他植物反转录转座RT氨基酸序列进行比对，发现枇杷、梅、苹果、李可能具有共同起源。【结论】所获得的枇杷反转录转座子反转录酶氨基酸序列具有高度异质性，序列在进化过程中受到纯化选择的作用。对不同物种反转录转座RT氨基酸序列进行比对，结果表明，反转录转座子在枇杷和其他物种间可能存在横向传递。