黄龙病是柑橘生产上的一种毁灭性病害。近年来该病害在世界多个柑橘主产区发生与流行,使其再次引起了世界柑橘生产者和研究者的高度关注。目前认为柑橘黄龙病病原是一种韧皮部难养细菌,暂命名为"Candidatus Liberibacter spp."。随着现代分子生物学技术的迅猛发展,柑橘黄龙病相关菌的全基因组和柑橘全基因组序列日趋完善。我们在这一大背景下主要介绍近5 a来柑橘黄龙病分子水平的研究概况,特别是在分子流行学、基因组学、转录组学、蛋白质组学、病原致病性和寄主抗病性分子机理及防控方法等方面的进展,并对目前研究中存在的困难进行分析,对今后的研究方向进行展望。